Para cerrar la mágica década de los años 40 el club fichó al que sería uno de sus entrenadores que más partidos dirigirá a los valencianistas en toda su historia y también uno de los que más títulos levantaría, el vizcaíno Jacinto Quincoces, que fue seleccionador nacional y entrenador de Zaragoza y Real Madrid. Se consiguió el primer título nacional en la Copa de 1941 frente al Español por 3-1, el 29 de junio de 1941 en Chamartín, un éxito que fue celebrado por todo lo alto en el club y en toda la ciudad. Otro de los ilustres entrenadores del equipo fue Javier Irureta, quien ganó el único campeonato de liga de la historia blanquiazul, la Copa del Rey recordada como «el centenariazo» (frente al Real Madrid Club de Fútbol, en su estadio, el día que cumplía cien años) y con el que consiguió cinco participaciones consecutivas en la Liga de Campeones. Los jugadores con dorsales superiores al 25 son, a todos los efectos, jugadores del Almería «B» y como tales, podrán compaginar partidos con el primer y segundo equipo. Todo el equipo dirigido por el técnico que acababa de proclamarse campeón del Mundial 1994 con Brasil, Carlos Alberto Parreira.
En la final a doble partido el rival fue el Barcelona, pero a causa del mundial no se pudo disputar hasta septiembre, lo que hizo que hubiera cambios en ambos equipos, como el del técnico valencianista que pasó a ser el argentino Alejandro Scopelli, que sustituyó a Domingo Balmanya que declinó renovar su contrato. El rival fue otra vez el Atlético de Bilbao y se ganó 1-0 con gol de Epi, que jugaba su último partido oficial como valencianista tras nueve temporadas y quería regresar a retirarse a su antiguo club, la Real Sociedad. La suerte parecía echada, porque el siguiente rival iba a ser nada menos que el Fútbol Club Barcelona. La siguiente temporada fue floja en liga, pero se alcanzaron unas asfixiantes semifinales en Copa contra el F. C. Barcelona que debieron decidirse con un tercer partido de desempate, en un calendario cargado de partidos, y que terminó decantándose por los culés. Liga, la Liga de 1942 el 22 de marzo en la antepenúltima jornada del campeonato. El acta de constitución del club todavía se conserva y fue redactada el 1 de marzo de 1919 en el hoy desaparecido Bar Torino, que se encontraba en la antigua Bajada de San Francisco (hoy parte de la plaza del Ayuntamiento, muy próximo al n.º 7). Hoy día se encuentra una placa conmemorativa en ese lugar, conocida como el km 0 del valencianismo al ser su lugar de nacimiento.
El equipo de Di Stéfano dependía de sí mismo para ser campeón y le bastaba un empate en la última jornada en Sarriá, pero en cambio cayó derrotado por 1-0. Al mismo tiempo jugaban los otros dos aspirantes, Atlético de Madrid y Barcelona, y quien ganara se proclamaría campeón a causa de la derrota valencianista, pero el destino quiso que empatasen 2-2 y que por tanto el Valencia celebrara en Sarriá el título de campeón de la Liga de 1971. A nivel individual el portero asturiano Abelardo ganó el Trofeo Zamora, el cuarto en la historia del club tras dos de Eizaguirre y uno de Goyo, y parte del mérito fue la sólida defensa formada por Sol, Aníbal, Antón y Tatono. El verano de 1959 tuvo lugar la primera edición del Trofeo Naranja con dos invitados de excepción: el Santos de Pelé y el Inter de Milán, siendo el club brasileño el ganador del trofeo por la diferencia de goles. Se celebró un partido de homenaje en su honor, que enfrentó a la selección de Inglaterra contra el propio Athletic, siendo la primera vez que la selección inglesa se enfrentaba a un club convencional en vez de a una selección.
Pero la búsqueda de un nuevo presidente y de un Director Deportivo continúa, a la vez que la situación de varios jugadores que no se sabe cual será su futuro, ya que el club alega necesidad de vender. Su primer presidente fue Octavio Augusto Milego Díaz, principal impulsor del club, gracias en principio a una moneda lanzada al aire entre él y Gonzalo Medina, considerado el primer mecenas del club, pero el sorteo fue pactado entre los fundadores para que el elegido como presidente fuese Milego. También ese año Mundo repitió su éxito como Pichichi con otros 27 goles, y Eizaguirre volvió a ser el Zamora del fútbol español. En septiembre de ese mismo año 1944 nace el CD Mestalla, equipo filial del club que tendría un veloz crecimiento, ya que solo ocho años después, en 1952, fue el primer equipo filial del fútbol español en conseguir un ascenso a Primera, aunque tanto el presidente del club (Luis Casanova) como el presidente del equipo filial (Federico Blasco) renunciaron voluntariamente al ascenso por no competir contra el equipo matriz.